Po powolnym Starcie, Stany Zjednoczone ulepszyły swój system nadzoru służący do monitorowania nowych wariantów koronawirusa, takich jak Omicron, zwiększając jego wydajność o dziesiątki tysięcy próbek tygodniowo od początku tego roku.
Wirusy nieustannie mutują. Aby znaleźć i monitorować nowe odmiany koronawirusa oraz rozprzestrzenianie się już znanych, naukowcy cały czas analizują skład genetyczny większości pozytywnych próbek.
To wysiłek globalny, ale do niedawna Stany Zjednoczone wnosiły do niego bardzo niewiele. Z powodu nieskoordynowanych i rozproszonych testów Ameryka sekwencjonowała mniej niż 1% pozytywnych próbek na początku tego roku. Teraz przeprowadza testy na 5 do 10% próbek. Jest to bardziej zgodne z tym, co robią inne narody i jakie dane naukowe udostępniają globalnie.
„Nadzór genomowy jest silny” – powiedziała Kelly Wroblewski, dyrektor ds. chorób zakaźnych z Association of Public Health Laboratories.
Przyczynia się do tego prawie 70 stanowych i lokalnych laboratoriów zdrowia publicznego, które co tydzień sekwencjonują od 15,000 do 20,000 próbek. Inne laboratoria, w tym te prowadzone przez Centers for Disease Control i Prevention oraz ich wykonawców, dostarczają w sumie od 40,000 do 80,000 próbek tygodniowo. Jeszcze dziewięć miesięcy temu analizowano w ten sposób około 12,000 próbek każdego tygodnia.
„Znajdujemy się w znacznie, znacznie lepszym miejscu niż rok temu, a nawet sześć czy dziewięć miesięcy temu” - powiedział Kenny Beckman z University of Minnesota, który kieruje uniwersyteckim laboratorium genomicznym, obecnie sekwencjonującym około 1,000 próbek tygodniowo ze stanów takich jak Minnesota, Arkansas i Dakota Południowa. Rok temu laboratorium nie przeprowadzało sekwencjonowania.
Korzystając z federalnych funduszy, Stany Zjednoczone utworzyły krajową sieć, aby lepiej śledzić mutacje koronawirusa. Mimo to w około dwudziestu krajach sekwencjonuje się większy odsetek pozytywnych próbek niż w USA – powiedział dr William Moss z Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health. „Pojawienie się wariantu Omicron może sprawić, że Stany Zjednoczone zwiększą swoje wysiłki w tej kwestii”, dodając jednak, że przed nami jeszcze długa droga.
Niektóre stany sekwencjonują tylko około 1% próbek, podczas gdy inne są w zakresie 20%, zauważył dr Phil Febbo, dyrektor medyczny Illumina, firmy z siedzibą w San Diego, która opracowuje technologie sekwencjonowania genomowego.
„Moglibyśmy podejść do tego bardziej systematycznie i bardziej konsekwentnie, dzięki czemu upewnimy się, że nie ma pustyń nadzoru genomowego, na których moglibyśmy przeoczyć pojawienie się wariantu” – powiedział Febbo.
Nadzór genomiczny jest w stanie wskazać naukowcom, jak szybko rozprzestrzenia się wariant Omicron, które miejsca są szczególnie narażone i powinny otrzymać więcej zasobów – powiedział David O’Connor, naukowiec z University of Wisconsin.
jm
